La CEBP cuenta con los siguientes organismos:
- Secretaría Ejecutiva.
- Junta de Misiones y Evangelización.
- Departamento de Educación Teológica.
- Departamento de Acción Social
- Departamento de Educación Cristiana.
- Departamento de Comunicación, Estadística e Imagen Institucional.
- Unión Nacional Femenil Bautista Misionera del Perú.
- Unión Nacional Juvenil Bautista Misionera.
- Unión Nacional Varonil Bautista Misionera.
- Unión Nacional Bautista de Profesionales y Técnicos.
- Departamento de Adquisiciones, Construcción y Saneamiento.